Il museo è situato nella palazzina costruita da Giuseppe Whitaker quale propria residenza di campagna che fu poi trasformata dallo stesso archeologo in un piccolo antiquarium per ospitare i reperti che venivano rinvenuti sempre più numerosi col passare del tempo e con il procedere degli scavi, tra il 1906 e il 1927.
E’ quindi grazie all’opera di ricerca di Whitaker che il museo, primo da definire punico siciliano, conserva reperti archeologici sia rinvenuti da scavi sistematici, sia trovati casualmente.

Al suo interno, oltre ad un plastico dell’isola e a numerosi pannelli didattici, troviamo un superbo gruppo in pietra con due leoni che azzannano un toro, che doveva sovrastare l’ingresso della porta Nord, che il Whitaker aveva collocato all’ingresso della casa insieme ai capitelli della casa dei mosaici.
E poi una splendida maschera ghignante, vasi in pasta vitrea policroma, stele e corredi funebri, anfore commerciali greche, fenicie ed etrusche, una ricca collezione di vasi a vernice nera e figure rosse provenienti dalla necropoli di Birgi. E ancora gioielli e armi, amuleti e scarabei, oggetti su cui sono incise didascalie originali, strumenti d’uso cosmetico o chirurgico, e tanti oggetti di uso comune che documentano i molteplici aspetti della vita quotidiana.

Ma ciò che dal 1979 impreziosisce il piccolo museo, ristrutturato e ampliato nel 2001, e che lo ha reso famoso in tutto il mondo è la statua dell’Auriga di Mozia, opera di stile arcaico-ionico risalente al V° sec. a.C., che domina, in solitudine, la sala con il lucernario, proprio di fronte l’ingresso, che era il cortile di casa Whitaker.

Un’opera talmente bella che, in occasione delle Olimpiadi di Londra, è stata esposta nella sala del Partendone del British Museum fino al mese di settembre 2012 e sostituita dall’Apollo Stangford, proveniente dallo stesso museo londinese quale scambio culturale.